Ермогенның патриархлыгы илдә бик катлаулы чорга туры килгән. Ялган Дмитрий һәм Польша короле Сигизмунд III Россиягә басып кергән вакытта ул ватан дошманнарына каршылык хәрәкәтендә актив катнашкан, оккупантларга каршы торырга чакырган. Шуның өчен аны илбасарлар урыныннан төшергәннәр, 9 ай ябылуда ятканнан соң патриарх 1612 елның мартында ачка үлгән.